Používáte-li správce souborů Total Commander v účtu s omezeným oprávněním, musí být správně nainstalovaný, aby uchoval FTP účty, které byste si chtěli uložit, a změny v nastavení programu, které jste provedli. Potíže je v tom, že Total Commander si nastavení ukládá do souborů wincmd.ini a wcx_ftp.ini a tyto soubory musí být unikátní pro váš uživatelský účet a musí být v takovém umístění, kde je i ze svého omezeného účtu můžete měnit. Jednou možností řešení je správná instalace programu, existuje ale také malý a trik, jak Commander přimět nastavení ukládat.